Недоплата НДФЛ за 2012 год

Всем добрый день!
Такая ситуация: совместителю в течение 2012 года предоставляли вычеты на 2 детей, а в марте выяснилось что эти вычеты предоставляются ему по основному месту работы. Мы пересчитали НДФЛ, доплатили его в бюджет и перечислили пени.
Но сразу всю сумму НДФЛ вычитать из заработной платы не стали, потому что сумма НДФЛ составила почти всю сумму заработной платы, а размер удержаний ограничен законодательством. Работник написал заявление что просит удерживать сумму НДФЛ из его заработной платы в течение 3 месяцев. Составили приказ директора и удержали данную сумму тремя равными частями (в марте, апреле и мае).
И вот теперь меня терзают смутные сомнения, что нужно было удерживать всю сумму сразу, ведь получилось что НДФЛ мы уплатили за счет средств налогового агента (то есть фирмы).
Подскажите, пожалуйста, как лучше поступить в такой ситуации? Оставить все как есть или что-то исправить пока не поздно?